Considerato uno dei migliori velocisti di tutti i tempi, è stato il dominatore negli arrivi in volata durante tutti gli anni novanta e all'inizio degli anni 2000. Per la maestosità e la potenza espressa nei suoi sprint fu soprannominato "Re Leone" e, in seguito, "Super Mario".
Nel corso della sua lunga carriera ha collezionato 189 successi, tra cui spiccano le vittorie alla Milano-Sanremo e al Campionato del Mondo su strada a Zolder, in Belgio (trionfi ottenuti entrambi nel 2002), e le tre vittorie alla Gand-Wevelgem (1992, 1993 e 2002) (record). Nel 1996 è stato Campione Italiano su strada.
È suo il record di tappe vinte al Giro d'Italia: ben 42, e tutte in volata, ottenute tra il 1989 e il 2003. Il precedente record (41 vittorie) resisteva dagli anni trenta ed apparteneva ad Alfredo Binda. Il suo record in un singolo Giro lo ottenne nell'edizione del 2002, quando mise a segno ben 6 vittorie di tappa (Münster, Esch-Sur-Alzette, Caserta, Conegliano, Brescia e Milano).
Ai successi nella Corsa Rosa, si aggiungono i 6 giorni in maglia rosa e le tre vittorie nella classifica generale a punti (maglia ciclamino).
Dopo il glorioso 2002, il numero delle sue vittorie è calato vistosamente, in concomitanza con l'esplosione agonistica di un altro grande velocista: Alessandro Petacchi. Nel 2003, una rovinosa caduta a poche centinaia di metri dal traguardo della tappa di San Donà di Piave lo costrinse al ritiro dal Giro d'Italia.
Cipollini ha ottenuto 12 vittorie di tappa al Tour de France, record per un italiano, (vestendo la maglia gialla 6 volte) e 3 alla Vuelta a España. Il suo apice al Tour lo raggiunse nel 1999, quando trionfò in ben quattro tappe consecutive (Blois, Amiens, Maubeuge e Thionville), sfiorando il record assoluto del lussemburghese François Faber che nel 1909 arrivò a cinque. Il tour gli riservò anche delle delusioni, come l'esclusione della sua squadra dall'elenco delle squadre partecipani per le edizioni del 2001, 2002 e 2003.
In totale ha racimolato 189 vittorie. Ai 3 Grandi Giri vanta 57 vittorie, a pochi passi dal recordman Merckx 65.
Il 7 maggio 2005, a dieci giorni dall'inizio del Giro d'Italia, si è definitivamente ritirato dalle competizioni; si presenta però per un'ultima passerella a Reggio Calabria, dove parte l'edizione della corsa rosa di quell'anno.
Nel 2006 è stato portatore della bandiera olimpica nel corso della Cerimonia di chiusura dei XX Giochi olimpici invernali di Torino.
Nel gennaio 2008 Cipollini ha annunciato la firma di un contratto per tornare a correre con la formazione americana della Rock Racing. Ha quindi gareggiato nel Giro della California, dove ha disputato un buon prologo ed è giunto terzo in volata nella terza tappa, alle spalle di Tom Boonen e di Heinrich Haussler. Avrebbe dovuto correre anche la Milano-Sanremo ma il rapporto con il team Rock Racing si è interrotto bruscamente.
CARRIERA:
1989 (Del Tongo, 4 vittorie)
tappa Giro di Puglia (Rutigliano)
tappa Giro di Puglia (Taranto)
tappa Giro di Puglia (Martinafranca)
12a tappa Giro d'Italia (Mantova-Mira)
1990 (Del Tongo, 7 vittorie)
tappa Tre Giorni di La Panne
tappa Giro di Puglia (Bitonto)
tappa Giro di Puglia (Martinafranca)
Milano-Vignola
13a tappa Giro d'Italia (Baselega di Pinè-Udine)
20a tappa Giro d'Italia (Milano-Milano)
Millemetri del Corso di Mestre
1991 (Del Tongo, 13 vittorie)
tappa Etoile de Besseges
tappa Etoile de Besseges
tappa Settimana Siciliana (Messina)
tappa Settimana Siciliana (Terme Vigliatore)
Trofeo dell'Etna
tappa Tre Giorni di La Panne
Grand Prix de l'Escaut
3a tappa Giro d'Italia (Sassari-Cagliari)
7a tappa Giro d'Italia (Rieti-Città di Castello)
21a tappa Giro d'Italia (Pavia-Milano)
tappa Giro di Puglia (Tricase)
tappa Giro di Puglia (Bari)
Millemetri del Corso di Mestre
1992 (GB, 15 vittorie)
tappa Etoile de Besseges (Le Vigan)
tappa Parigi-Nizza (Nevers)
tappa Parigi-Nizza (Roanne)
tappa Parigi-Nizza (Marsiglia)
tappa Tre Giorni di La Panne (Coxyde)
Gand-Wevelgem
tappa Quattro Giorni di Dunkerque
tappa Quattro Giorni di Dunkerque
tappa Quattro Giorni di Dunkerque
5a tappa Giro d'Italia (Sansepolcro-Porto Sant'Elpidio)
8a tappa Giro d'Italia (Melfi-Aversa)
17a tappa Giro d'Italia (Sondrio-Vercelli)
21a tappa Giro d'Italia (Verbania-Vigevano)
tappa Giro di Puglia (San Paolo Civitate)
tappa Giro di Puglia (Crispiano)
1993 (GB, 10 vittorie)
tappa Giro del Mediterraneo (Marignane)
tappa Giro del Mediterraneo (Beziers)
tappa Parigi-Nizza (Nevers)
tappa Parigi-Nizza (Valson La Romane)
tappa Parigi-Nizza (Marsiglia)
Gran Premio E3 Harelbeke
Gand-Wevelgem
Grand Prix de l'Escaut
tappa Tour de France (Les Sabies d'Olonne)
Memorial Rik Van Steenbergen
1994 (Mercatone Uno, 6 vittorie)
tappa Giro del Mediterraneo (Antibes)
tappa Giro del Mediterraneo (Hyres)
tappa Parigi-Nizza (Orleans)
tappa Parigi-Nizza (Marsiglia)
tappa Settimana Siciliana (Ravanusa)
Millemetri del Corso di Mestre
1995 (Mercatone Uno, 17 vittorie)
tappa Giro del Mediterraneo (Berre)
tappa Giro del Mediterraneo (Juan Le Pins)
tappa Giro del Mediterraneo (Hyres)
Montecarlo-Alassio
Trofeo Luis Puig
tappa Vuelta Valenciana (Benicasim)
tappa Vuelta Valenciana (Castellon)
tappa Giro di Romandia (Ginevra)
tappa Giro di Romandia
1a tappa Giro d'Italia (Perugia-Terni)
3a tappa Giro d'Italia (Spoleto-Marotta)
tappa Vuelta Catalunya (Torrendbarra)
tappa Vuelta Catalunya (Barcellona)
tappa Vuelta Catalunya (Lerida)
tappa Tour de France (Vitre)
tappa Tour de France (Le Havre)
Millemetri del Corso di Mestre
1996 (Saeco, 16 vittorie)
Campionato italiano su strada
tappa Giro del Mediterraneo (Yerez)
tappa Vuelta Valenciana (Javea)
tappa Vuelta Valenciana (Valencia)
tappa Vuelta Aragona (Borja)
tappa Vuelta Aragona (Saragozza)
tappa Giro di Romandia (Martigny)
tappa Giro di Romandia (Orbe)
tappa Giro di Romandia (Ginevra)
4ª tappa Giro d'Italia (Ostuni-Ostuni)
8ª tappa Giro d'Italia (Polla-Napoli)
11ª tappa Giro d'Italia (Prato-Marina di Massa)
18ª tappa Giro d'Italia (Meda-Vicenza)
tappa Vuelta Catalunya (Barcellona)
tappa Vuelta Catalunya (Lleida)
tappa Tour de France (Wasquehal)
1997 (Saeco, 15 vittorie)
tappa Giro del Mediterraneo (La Gran Morte)
tappa Giro del Mediterraneo (Rognac)
tappa Vuelta Valenciana (Elche)
tappa Vuelta Aragona (Binéfar)
tappa Vuelta Aragona (Monzón)
tappa Giro di Romandia (Estavayer)
tappa Giro di Romandia (Monthey)
tappa Giro di Romandia (Nyon)
1a tappa Giro d'Italia (Venezia-Venezia)
2a tappa Giro d'Italia (Mestre-Cervia)
3a tappa Giro d'Italia (San Marino-Arezzo)
10a tappa Giro d'Italia (Castovillari-Taranto)
22a tappa Giro d'Italia (Boario Terme-Milano)
tappa Tour de France (Forge Les Eaux)
tappa Tour de France (Vire)
1998 (Saeco, 13 vittorie)
Gran Premio Costa degli Etruschi
tappa Giro del Mediterraneo (Rognac)
5a tappa Giro d'Italia (Orbetello-Frascati)
7a tappa Giro d'Italia (Montella-Matera)
8a tappa Giro d'Italia (Matera-Lecce)
10a tappa Giro d'Italia (Vasto-Macerata)
tappa Vuelta Catalunya (La Pineda)
tappa Vuelta Catalunya (El Vendrel)
tappa Vuelta Catalunya (Sants)
tappa Vuelta Catalunya (Manlieu)
tappa Tour de France (Chaterauox)
tappa Tour de France (Brive la Gaillarde)
Millemetri del Corso di Mestre
1999 (Saeco, 16 vittorie)
Trofeo Pollença
Trofeo Inca
Trofeo Luis Puig
tappa Tirreno-Adriatico (Luco dei Marsi)
tappa Giro di Romandia (Ginevra)
2a tappa Giro d'Italia (Noto-Catania)
10a tappa Giro d'Italia (Ancona-Sansepolcro)
12a tappa Giro d'Italia (Cesenatico-Sassuolo)
17a tappa Giro d'Italia (Lumezzane-Castelfranco Veneto)
tappa Vuelta Catalunya (Tortosa)
tappa Vuelta Catalunya (La Geltru)
tappa Tour de France (Blois)
tappa Tour de France (Amiens)
tappa Tour de France (Maubeuge)
tappa Tour de France (Thionville)
Sei Giorni delle Rose (con Andrea Collinelli)
2000 (Saeco, 6 vittorie)
Gran Premio Costa degli Etruschi
4a^ tappa Giro d'Italia (Scalea-Matera)
tappa Giro di Romandia (Le Bouvret)
tappa Giro di Romandia (Ginevra)
6a tappa Giro del Mediterraneo
tappa Vuelta Valenciana
2001 (Saeco, 12 vittorie)
6a tappa Giro d'Italia (Nettuno-Rieti)
9a tappa Giro d'Italia (Reggio Emilia-Rovigo)
19a tappa Giro d'Italia (Alba-Busto Arsizio)
21a tappa Giro d'Italia (Arona-Milano)
5a tappa Giro di Romandia
4a tappa Giro del Trentino (Arco)
1a tappa Vuelta Aragona
5a tappa Vuelta Aragona
Giro della Provincia di Siracusa
2002 (Acqua e Sapone, 14 vittorie)
7a tappa Tirreno-Adriatico (San Benedetto del Tronto)
2a tappa Giro del Mediterraneo (Le Cannet)
Milano-Sanremo
Gand-Wevelgem
1a tappa Giro d'Italia (Groningen-Munster)
3a tappa Giro d'Italia (Verviers-Esch-sur-Alzette)
9a tappa Giro d'Italia (Tivoli-Caserta)
15a tappa Giro d'Italia (Terme Euganee-Conegliano)
18a tappa Giro d'Italia (Rovereto-Brescia)
20a tappa Giro d'Italia (Cantù-Milano)
3a tappa Vuelta di Spagna (San Vincente de Raspeg-Murcia)
4a tappa Vuelta di Spagna (Aguilas-Roquetas)
7a tappa Vuelta di Spagna (Jaen-Malaga)
Campionato del Mondo su strada (Zolder)
2003 (Domina Vacanze, 4 vittorie)
1a tappa Tirreno-Adriatico (Sabaudia)
3a tappa Tirreno-Adriatico (Sabaudia)
8a tappa Giro d'Italia (Rieti-Arezzo)
9a tappa Giro d'Italia (Arezzo-Montecatini Terme)
2004 (Domina Vacanze, 2 vittorie)
tappa Giro della Georgia (Columbus)
4a tappa Giro del Mediterraneo
2005 (Liquigas, 2 vittorie)
Classifica generale Giro della Provincia di Lucca
4a tappa Tour of Qatar (Doha Landmark)